Rok 1990 nie jest pomyślny, przemiany polityczne w kraju, zubożenie środków na kulturę to jednocześnie spadek liczby koncertów. Orkiestra prowadziła działalność głównie na Lubelszczyźnie i w województwach sąsiednich. Z krótką dwudniową wizytą przebywała w Płocku dając tam cztery koncerty. W listopadzie ze specjalnie przygotowanym widowiskiem pt.: „Jeszcze nie zginęła” uczestniczyła w uroczystościach Narodowego Święta Niepodległości w Zamościu.
Łącznie wykonała 107 koncertów dla ponad 71 000 słuchaczy, w tym 29 na wsi dla 14 500 osób.
W 1991 roku Orkiestra otrzymała stałą siedzibę w zabytkowej Bramie Lwowskiej w Zamościu z salą koncertową na ok. 200 osób i rozpoczęła comiesięczne koncerty dla mieszkańców miasta i regionu. Do połowy roku koncertowała głównie w województwach zamojskim i lubelskim.
W czerwcu w Warszawie, Stalowej Woli, Nisku i Połańcu. Jesienią odwiedziła województwo warszawskie, chełmskie i bialskopodlaskie. Łącznie wykonała 93 koncerty dla ponad 24 000 słuchaczy, w tym 25 na wsi dla 9 500 osób.
29 listopada wykonała uroczysty koncert z okazji 110-lecia swojego istnienia.
Od 8 do 15 grudnia członkowie Orkiestry przebywali na Ukrainie, odwiedzając Łuck, Tarnopol, Krzemieniec, Stary Skałat, Hołuszczyńce i Lwów, dając 8 koncertów dla ponad 3 600 słuchaczy.
Rok 1992 to koncerty głównie na terenie województwa zamojskiego i lubelskiego. Orkiestra odwiedziła też województwa: bialskie, chełmskie i katowickie. Łącznie wykonała 103 koncerty w kraju dla blisko 27 000 słuchaczy i jeden koncert w RFN
w mieście partnerskim Schwäbisch Hall dla 450 słuchaczy.
W 1993 roku Orkiestra wykonała łącznie 80 koncertów w kraju dla ponad 23 870 słuchaczy. Koncertowała głównie na terenie województwa chełmskiego, lubelskiego, przemyskiego, rzeszowskiego, tarnobrzeskiego i zamojskiego.
Od 27 czerwca do 4 lipca przebywała na Ukrainie gdzie wykonała 12 koncertów dla ponad
7.000 słuchaczy, odwiedzając: Chmielnicki, Gródek, Hołuszczyńce, Kamieniec Podolski, Czortków, Stary Skałat, Buszczacz, Kołomyję, Stanisławów i Tarnopol .
Pierwsze półrocze 1994 roku to koncerty w województwach: chełmskim, tarnobrzeskim i zamojskim (78 koncertów dla ponad 21 360 słuchaczy).
Latem od 25 czerwca do 4 lipca Orkiestra przebywała na Białorusi gdzie wykonywała koncerty z muzyką ludową i religijną. Trasa wiodła od Brześcia przez Kobryń, Pińsk, Grodno, Lachowicze, Nowogródek, Słonim do Baranowicz. Łącznie wykonano 12 koncertów dla 3 350 słuchaczy.
Były to niezapomniane chwile, kiedy nasi rodacy chłonęli każdy wykonywany utwór, a doznania wywołane narodową nutą powodowały głębokie wzruszenia.
Obsypywano Orkiestrę kwiatami, serdecznymi podziękowaniami i prośbami o ponowny przyjazd.
Na koncerty przychodzili również Ukraińcy i Białorusini, którzy początkowo zachowywali dystans, ale po kilku pierwszych utworach niemal dorównywali w entuzjazmie Polakom, niejednokrotnie wykrzykując gromko „maładcy”, a po koncercie tak samo serdecznie dziękowali, wyrażali swój podziw dla kunsztu wykonawców i chętnie wpisywali się do kroniki Orkiestry.
Lata 1995-1998 to kolejne zmniejszenie dotacji a tym samym brak środków na działalność koncertową w kraju.
W 1995 roku Orkiestra wykonała 53 koncerty dla 17 550 słuchaczy z czego 52 w województwie zamojskim i jeden w tarnobrzeskim.
W następnych trzech latach dla zapewnienia w miarę prawidłowego funkcjonowania, ograniczono liczbę koncertów do 45 w roku.
W tym okresie Orkiestra wykonała łącznie 141 koncertów, głównie na terenie województw: chełmskiego, lubelskiego i zamojskiego dla ponad 37 150 słuchaczy.
Pięć koncertów dla 2 870 słuchaczy wykonano też w województwie warszawskim.
W 1997 roku Orkiestra przebywała z dwudniową wizytą w Schwäbisch Hall (Niemcy), gdzie wykonała dwa koncerty dla ponad 850 słuchaczy
W 1999 roku w wyniku reformy administracji publicznej, Polska Orkiestra Włościańska im. Karola Namysłowskiego, została przejęta przez gminę miejską Miasto Zamość i wpisana do rejestru miejskich instytucji kultury.
Sytuacja finansowa nie uległa poprawie, a ilość koncertów pozostała na poziomie 45 rocznie. Orkiestra koncertuje głównie w województwie lubelskim (45 koncertów), odwiedziła też województwa: mazowieckie, podkarpackie, podlaskie, śląskie i świętokrzyskie (łącznie 8 koncertów dla 6 650 słuchaczy).
12 czerwca koncertowała z okazji wizyty Ojca Świętego Jana Pawła II w Zamościu.
W roku 1999 wykonano 53 koncerty dla ponad 225 360 słuchaczy.